Thomas har liksom en stor grupp andra tonårskillar fått sitt minne raderat. De är inlåsta i ett stort område som omges av höga stenmurar. Varje morgon öppnas dörrarna till en enorm labyrint som omger dem och stängs varje kväll. På något sätt måste de ta sig ut, men hur? Så kommer den första tjejen dit.

Efter flykten från labyrinten trodde Thomas att han och de andra skulle få sina liv tillbaka. Men det som väntar är en ny slags skräcktillvaro, en bränd jord förstörd av klimatförändringar och sjukdomar. De står inför en ny fruktansvärd prövning: att korsa öknen på två veckor.

Thomas har blivit fråntagen allt: sitt vanliga liv, sina minnen och nu sina enda vänner. Men Thomas fiender vet inte att han har fler minnen av sitt tidigare liv än de tror. Han minns tillräckligt mycket för att veta att man har ljugit för honom och tillräckligt mycket för att göra uppror.

En prequel till serien Maze runner. När Thomas hamnade i labyrinten var hans minne raderat och han kom inte ihåg vad som hade hänt. Men det finns folk som fortfarande kan berätta: solstormar brände jorden och tsunamier slog in över land. Jorden var en obeboelig plats. Marc och Tina bodde i New York och när de inte trodde att det kunde bli värre slog ett virus till. De som drabbades blev galna. Endast en liten flicka tycktes gå säker. Varför?